本发明提出一种列车下坡运行控制方法、系统，通过设计重载列车运行控制策略并生成目标速度曲线；使列车在通过长大下坡线路时，降低列车和线路的磨损，避免车钩拉断；在跟踪目标速度曲线时，将实际跟踪速度与目标速度的误差控制在合理的范围内，实现对列车的速度跟踪控制。本发明的方法首先通过设计线路数据的描述形式确定列车运行前方最严格的目标速度和位置；其次，根据最严格的目标速度和位置，结合线路坡度完成对长大下坡参考速度曲线设计，实现长大下坡区间列车提前降速，保证ATO速度在安全范围内；最后，根据充风和放风时间以及下坡坡度值调节空气制动施加和撤销的速度下界，保证空气制动输出的平缓性。