本发明公开了一种滤除故障信号中衰减直流分量的方法、系统、装置及介质，其中方法包括：根据故障信号获取包含多个采样点的离散信号；从离散信号中获取采样数据，对采样数据进行离散傅里叶变换，获得DFT输出相量序列；对DFT输出相量序列进行旋转差分运算，获得旋转差分相量序列，根据旋转差分相量序列获得衰减时间常数；根据衰减时间常数，对DFT输出相量序列进行衰减差分运算，获得衰减差分相量序列；根据衰减差分相量序列构建线性方程组，根据线性方程组获得滤除衰减直流分量后的准确基频相量。本发明提供一种能够滤除衰减直流分量的离散傅里叶变换改进算法，克服现有提取算法的不足，提升继电保护装置的性能，可广泛应用于电力系统领域。