本发明提供一种飞秒激光增减材加工系统及加工方法，属于激光加工技术领域，所述飞秒激光增减材加工系统包括激光发射模块和激光工作模块，激光工作模块包括光路调整组件、光路整合组件和工件加工组件，激光发射模块发出的激光依次经过光路整形组件和光路调整组件后到达工件加工组件对工件加工组件内的待加工工件进行激光加工；工件加工组件包括槽体和设置于槽体内部的隔离件，隔离件将槽体分成储液槽和加工槽，且隔离件与槽体的底部设置有连通孔，且加工槽的侧壁设置有适于排液的泄流孔，泄流孔与槽体的底部的距离大于待加工工件与槽体底部的距离。本发明能够获得表面带有功能性涂层的微结构，工件加工区域的表面质量好，且加工效果的稳定性。