本发明涉及一种基于多介质污染特征识别的磷矿区水环境风险评估方法，属于水污染防治技术领域。该方法包括：识别磷矿区水环境风险源，建立磷矿区水环境风险源监测系统，构建磷矿区水环境风险源数据库，计算磷矿区水环境风险源贡献率，划分磷矿区水环境风险分区以及制定磷矿区水环境风险管控方案。该方法将识别磷矿、磷化工、磷石膏在地表水、地下水、大气和土壤环境介质中的污染特征，解析磷矿区污染物从产生到进入水体全过程的差异化影响，弥补了传统风险评估方法难以适用于磷矿区水环境精细化管理的不足，为在区域整体层面上优化水环境污染风险管控方案、提高区域水环境质量提供理论依据。