本发明公开了一种秸秆制备黄腐酸的方法，属于生物发酵技术领域，包括先后将发酵种子液Ⅰ和发酵种子液Ⅱ接种到发酵液罐中，且并在发酵第二阶段添加辅料Ⅱ，辅料Ⅱ包括辅酶Q、葡聚糖酶和壳聚糖；本发明的有益效果是：利用了草浆黑液的碱性环境对秸秆进行软化反应后，减少了氧化钙的使用，利用了发酵的手段，实现了秸秆和制浆黑液中纤维素和木质素分步降解，热带假丝酵母能够有效地抑制白腐真菌的生长，促进发酵前期纤维素的降解，葡聚糖酶对于热带假丝酵母细胞壁进行处理，解除了热带假丝酵母对白腐真菌的生长抑制，壳聚糖能够有效地抑制纤维素酶和半纤维素的酶活，避免了发酵后期分解木质素的同时对纤维素的过分降解，导致黄腐酸转化率较低。