本发明提出了一种燃料电池恢复方法，包括如下步骤：S1、检测燃料电池系统输出额定功率的衰减比例；判断额定功率的衰减比例是否大于衰减阈值；S2、系统自检是否符合恢复条件；S3、逐步降低阴极入口压力，阳极入口压力维持高于阴极压力，平均单片电压V0逐渐减低V1；若最低单片电压低于最低额定平均单片电压V2，则升高反应气体入口压力使最低单节电压高于最低额定平均单片电压V2；S4、通过循环步骤3中降低‑升高反应气体入口压力，完成燃料电池系统的性能恢复。通过该方法，燃料电池电堆的活化过程可以在整车上完成，驾驶员不必将车辆行驶至指定的维修点，电堆的恢复处理更加及时，能够有效避免由于恢复不及时而影响电堆的使用寿命。