本发明涉及往复压缩机技术领域，尤其涉及一种往复压缩机轴系扭振的测试方法及系统，包括以下步骤：首先基于编码器构建往复压缩机扭振测量系统，根据实时采集到的采样信号计算得到往复压缩机工作过程中的曲轴的瞬时转速动态值，其中，采样信号为编码器在往复压缩机的预设变速阶段内进行等角度间隔采样得到的脉冲信号；根据瞬时转速动态值以及相对应的曲轴转角生成角域图，并对角域图进行处理后生成包含扭振信息的瀑布图。本发明提出的一种往复压缩机轴系扭振的测试方法及系统，以解决现有的测试方法在实际应用时难于精准采集扭振信息的问题。