本发明公开了一种防治根腐病的药剂、制备方法及其应用，属于生物农药技术领域。所述的防治根腐病的药剂，包括以下原料组成：石菖蒲挥发油、艾叶挥发油。本发明制备的防治根腐病的药剂，属于植物源杀菌剂，易挥发，易降解，不污染环境，对人畜安全；挥发油是多种有效成分的混合物，对致病菌具有多靶标作用特效，致病菌不易产生抗药性，可长期使用。本发明石菖蒲挥发油和艾叶挥发油按比例混合与化学农药噁霉灵复配具有协同增效作用。本发明利用沸石吸附挥发油，能使挥发油缓慢长期释放，达到长期防治效果。本发明原料来源广泛，成本低廉，制备方法简单易行，可作为肥料添加剂或者农药使用，广泛应用于防治地下根腐病的发生。