本发明公开了一种防治玉竹根腐病的中药组合物及制备方法和应用，它由一定比例的黄柏、土黄连提取物和无菌水组成，步骤是：(1)称取黄柏、土黄连，倒入电热套圆形瓶中，开启电热套，对黄柏、土黄连进行提取，获得提取液。(2)对提取液进行抽滤，倒入酒精，提取，获得提取液。(3)对提取液进行抽滤，倒入旋转蒸发仪圆形瓶中，减压旋转蒸发至膏状，获得黄柏、土黄连提取物。(4)将获得的中药组合物，倒入瓶中，保存。(5)将黄柏提取物和土黄连提取物按一定比例装入容器内，搅拌，获得中药组合物。(6)该组合物对玉竹根腐病抑菌效果强、环境污染小、无残毒，有效避免了化学农药的危害，大大降低了病原菌产生抗药性的可能。