本发明公开了一种具有波浪补偿功能的海上换乘栈桥及其工作方法，所述的海上换乘栈桥，包括升沉机构、栈桥系统和主动波浪补偿控制系统。本发明能补偿船舶两船摇荡运动对换乘栈桥产生扰动，即使宿主船和目标船存在干舷差，仍可保证换乘栈桥在人员换乘过程中栈桥桥体与水平面保持安全角度不变，提高海上两船间人员换乘的安全性与舒适性。本发明的换乘栈桥在完成搭接后，栈桥桥体前端与换乘点固定连接，人员换乘过程只需控制其升沉机构即可保证栈桥桥体与水平面保持安全角度不变。本发明的栈桥桥体前端与换乘点之间采用电磁着陆锥进行固定连接，无需额外的机械装置进行固定，可使栈桥桥体在紧急情况下能迅速脱离换乘点，紧急提升，提高安全性。