本发明公开了一种海上换乘栈桥波浪补偿控制系统及其工作方法，所述的波浪补偿控制系统包括液压执行机构、测量系统、电液伺服阀、波浪补偿控制单元、控制箱、PLC和主控计算机。本发明由包括2D激光雷达的相对运动测量单元获得靠帮后的换乘栈桥桥体前端与目标船上的换乘点的相对位移量，便于实现栈桥桥体前端与目标船上的换乘点随动控制。本发明采用时间序列法对换乘栈桥底座随船的运动及换乘栈桥桥体前端与目标船上的换乘点的相对位移进行极短期预报，进而采用自抗扰控制技术实现换乘栈桥的液压执行机构协同运动同步控制，主动同步补偿波浪引起的船舶摇荡运动对换乘栈桥的扰动，可使控制系统获得更强的抗干扰能力和更高的控制精度。