本发明公开了一种六自由度海上波浪补偿多用途艇及其波浪补偿方法，波浪补偿多用途艇包括航行艇体、甲板和六自由度电动波浪补偿系统，甲板为需要进行波浪补偿的整体；六自由度电动波浪补偿系统为航行艇体和甲板的连接部分，由电动缸和其他电动波浪补偿所必须的组件或辅助配件构成。通过测量船体的横摇、纵摇、升沉、横荡、纵荡和艏摇的运动姿态值，根据波浪补偿值的反解算法计算出横摇、纵摇、升沉、横荡、纵荡和艏摇的补偿值，控制各伺服电动缸动作，实现上甲板的六自由度补偿；本发明能够对甲板整体进行波浪补偿，减小波浪对艇体的影响，通过分层式的波浪补偿平台结构对六个自由度分组进行控制，为波浪补偿结构提供了更多的工作空间。