本发明公开了一种细胞图像查重方法及系统，该方法包括建立图像数据库database和重复图像数据库re‑database；移动显微镜，获取视野下的待查细胞；输入一张待查细胞图像img的路径；获取待查图像的指纹fp；计算图像指纹fp的一维近似表示od；获取待查图像的颜色直方图的特征数组fh；获取待查图像的颜色指纹cfp；计算待查图像img的SIFT特征描述子desp；若数据库database中有与待查图像img重复的图像，获取其od、fp、cfp、fh、desp后保存至数据库；将列表内其他相似的图像的路径提取出来，在数据库database中查找并删掉。该方法能够减少不必要的计算，提高运行效率。