本发明提供了一种湖泊生态系统健康评价和修复方法，该方法通过采集湖泊生态特征参数的实时数据，对实时数据进行赋分处理，将湖泊生态最重要的水质、生境、生物指标进行量化后计算得到用于分别评价湖泊生态的水质、生境和生物指数，以及对湖泊生态系统健康综合评价的湖泊生态系统健康指数，再用这些数据和指数建立湖泊生态系统分层排列树形结构数据库，同时建立湖泊生态系统修复方法的分层排列树形结构数据库，并为湖泊生态系统分层排列树形结构数据库的各级数据设定对应的阈值范围，将湖泊生态系统分层排列数据库的各级数据与对应的阈值范围进行从顶层开始的逐级比较，当各层数据与对应的阈值范围匹配时，在湖泊生态系统分层排列树形结构数据库和湖泊生态系统修复方法分级排列数据库之间建立映射关系，最后通过映射关系准确选定对应的修复技术方法对湖泊进行切实可行的修复，有效改善湖泊生态系统健康状况。