本发明属于燃料电池封装技术领域，尤其涉及一种可调节燃料电池端板封装结构，包括电堆堆芯、紧密设于电堆堆芯上、下表面的集流板、以及分别设于集流板上方和下方的上端板和下端板，上端板和下端板的左、右两端部、以及中间位置分别通过第一定位绝缘螺杆、第二定位绝缘螺杆和第三定位绝缘螺杆连接；还包括补偿装置，补偿装置包括进气组件、以及与进气组件连接的多组补偿机构，进气组件包括空气滤芯、与空气滤芯连接的空压机，空气滤芯与空压机之间设有一流量计；本发明在电堆各螺杆预紧力不足时，采用补偿装置提供补偿，能够保证端板压紧力的均匀性，进而提高了电堆的输出性能。