本发明实施例提供了一种桌面应用窗口管理系统和方法，上述系统包括：桌面窗口管理服务单元和多个目标应用；桌面窗口管理服务单元，用于接收用户触发的窗口调整指令；窗口调整指令包括：多个目标应用的窗口存在状态调整信息和多个目标应用的窗口样式信息；并基于窗口调整指令生成针对各个目标应用的控制信息；并将针对各个目标应用的控制信息分别发送至各个目标应用；每个目标应用，用于在接收到桌面窗口管理服务单元发送的控制信息之后，根据控制信息调整该目标应用在用户终端桌面的应用窗口的存在状态和/或应用窗口样式。采用该系统，为用户提供了更为丰富的应用窗口展示样式。