本发明提供一种长期监测与保护土壤健康状况的系统及其方法，包括区域土壤监测管理平台、移动端采集平台、定制无人机、土壤样本库原型、快速土壤检测设备。将目前分散无序的服务功能整合为一个有机的土壤监测服务系统，极大提高地方基层监管部门对所辖生态红线和永久基本农田的土壤进行长期监测和保护的综合能力，也为大型农场长期监测其耕地质量提供了监测系统。本发明通过发明一套系统与快速检测工具，将相关功能整合为一个系统，简化了土壤监测保护的流程，提高了监测效率，确保数据流在各功能模块间无缝流动，适用于长期监测与保护一个固定区域的耕地质量、污染土壤修复或土壤保护。