本发明提供了一种将脂肪组织制备成纳米囊泡的方法及该纳米囊泡的应用。所述方法具体是将临床获取的新鲜脂肪组织依次经过漂洗、剪碎后装入两个通过螺纹连接器连接的螺口注射器中，在两分钟内快速来回推挤形成均一黄色的悬混液态，转入无菌离心管内离心去掉上层油脂后吹打均匀，然后超声获得乳白色产物，再次离心去除上层油脂后，使用多重过滤膜推挤装置的注射器吸取上述离心后下层的水质层，并挤压过滤得到直径为60～400nm纳米囊泡产物；本发明制备的纳米囊泡具有促进脂肪再生功能，将其与真皮微颗粒混合成组织移植物用于软组织缺损填充，减轻了脂肪中油滴引起的炎症反应，提高了软组织填充后的体积保留率，同时也降低了真皮直接填充的硬度。