本发明公开了一种污染场地地下水水质分层监测系统及方法。系统包括监测井井口上的井口防护箱，井口防护箱内设有横梁，横梁上安装可调节挂环和固定挂环，线缆将底层监测探头、中层监测探头和顶层复合监测探头串接后穿过可调节挂环与控制主机相连，控制主机经缆绳挂于固定挂环上。控制主机包括安装于主机壳内的主控制器和远程传输器，主机壳上安装气压传感器、溢水感应器。井口防护箱内安装防盗感应器、信号天线。信号天线经远程传输器与主控制器连接。底层监测探头、中层监测探头、顶层复合监测探头、气压传感器、溢水感应器和防盗感应器与主控制器连接。本发明对地下水能够分层获取水质数据，真实全面反映地下水污染情况。