本发明公开了一种新型碳基生物阳极、其制备方法及微生物燃料电池，属于微生物燃料电池技术领域。所述制备方法包括：1)将剑麻纤维洗净剪成小段，对剑麻纤维小段进行酸化处理；2)将酸化处理后的剑麻纤维与铁源催化剂混合，研磨，炭化，得到纤维状炭材料；3)将得到的纤维状炭材料用盐酸溶液溶解掉其中的含铁物质，清洗，球磨，得到黑色粉末状样品；4)将所得的黑色粉末状样品溶于蒸馏水中，搅拌均匀后转移至高压反应釜内进行水热反应，反应完成即得到新型碳基生物阳极。该新型碳基生物阳极具有良好的生物相容性，同时具有较大的比表面积与丰富的孔隙结构，且该生物阳极兼具良好的导电性，可为微生物的附着和电子的传递提供理想的载体。