本发明涉及燃料电池技术领域，公开了一种燃料电池阳极系统、控制方法及燃料电池，燃料电池运行过程中，通过检测单元实时检测表征燃料电池电堆内质子交换膜湿度的参数，在检测单元的测量值未达到目标值内时，控制阀组根据检测单元的检测结果，调节由氢气出口输出至第一气液分离器的气体量，以及由第一气液分离器输出至第二气液分离器的气体量。能够使燃料电池在任一运行工况工作时，均能使燃料电池的湿度满足要求，降低对气液分离器的分离效率的精度要求，降低生产成本；甚至能够取消对氢气进行增湿的增湿装置。