提供一种在启动时通过供给被进行了加热的空气来使燃料电池升温的燃料电池系统。该燃料电池系统具备：多个燃料电池；燃料供给路径，多个燃料电池并联地连接于燃料供给路径，燃料供给路径用于向燃料电池供给燃料；空气供给路径，多个燃料电池串联地连接于空气供给路径，空气供给路径用于向燃料电池供给空气；热交换器，其设置于燃料供给路径，用于对燃料或空气进行加热；空气热交换器，其设置于空气供给路径，用于对空气进行加热；以及连结路径，其将空气供给路径中的空气热交换器的上游侧的位置与燃料供给路径中的热交换器的上游侧的位置连结。在空气供给路径设置有第一控制阀，该第一控制阀用于调整向空气热交换器流入的空气的量，在连结路径设置有第二控制阀，该第二控制阀用于调整向热交换器流入的空气的量，在燃料电池系统启动时，通过调整第一控制阀及第二控制阀的开度，来从空气供给路径和燃料供给路径这两者向多个燃料电池供给被进行了加热的空气。