本公开提供一种燃料电池系统及其控制方法。燃料电池系统具备：燃料电池；温度传感器，其用于对燃料电池的温度进行计测；控制部，其在所述温度传感器的计测温度为预先设定的快速暖机开始温度以下时，使燃料电池的快速暖机运转执行，直至计测温度成为预先设定的快速暖机完毕温度以上。控制部在于快速暖机运转的过程中确定了温度传感器的异常的发生时，(a)在作为燃料电池的温度而被使用的推断温度处于被预先设定的防止再次冻结温度以上的情况下，使从燃料电池输出电力的运转更替为快速暖机运转来执行，(b)在作为燃料电池的温度而被使用的推断温度并未上升至防止再次冻结温度为止的情况下，使燃料电池的工作停止。