一种燃料电池系统，具备：固体氧化物型的燃料电池，其被供给重整气体和氧化剂气体而能够发电；氧化剂气体供给装置，其向所述燃料电池供给所述氧化剂气体；重整部，其向所述燃料电池供给所述重整气体；燃料供给装置，其向所述重整部供给作为所述重整气体的原料的燃料；以及燃烧部，其使所述燃料电池的排出气体燃烧，其中，所述重整部通过与所述燃烧部所生成的燃烧气体进行热交换，能够将所述燃料重整为所述重整气体，在所述燃料电池系统中设置有第一控制部，所述第一控制部对所述燃料供给装置进行以下控制：在系统停止时，通过所述重整部向所述燃料电池追加供给所述燃料，以防止所述氧化剂气体从所述燃料电池的燃料极的下游流入，在所述燃料电池系统中具备第二控制部，所述第二控制部在所述系统停止时，在所述追加供给之前向所述重整部供给所述燃料，使得向所述燃料电池流入的所述重整气体的温度不超过规定的温度。