本公开能够在具备喷射器的燃料电池系统中，将用于通过燃料气体而使燃料电池内升压的时间短期化。本公开的燃料电池系统具备：燃料电池；燃料气体供给流道，其用于将燃料气体从燃料气体供给源供给至燃料电池；燃料气体循环流道，其使从燃料电池排出的燃料废气循环至燃料气体供给流道；涡轮型泵，其被配置于燃料气体循环流道并通过向第一旋转方向旋转而将燃料废气压送至燃料气体供给流道；喷射器，其被配置于燃料气体供给流道且使燃料气体和被涡轮型泵压送的燃料废气合流并供给至燃料电池；控制部，其控制涡轮型泵的旋转。控制部在通过燃料气体而使燃料电池内升压至被预先规定的压力时，使涡轮型泵向与第一旋转方向反向的第二旋转方向旋转。