本公开提供一种燃料电池系统以及燃料电池系统的控制方法。燃料电池系统具备燃料电池、阳极供给管、通过阀的开闭来调节燃料气体的供给量的燃料气体供给部、被设置在燃料气体供给部与阳极供给口之间的喷射器、对阳极排出口与喷射器进行连接的阳极循环管、能够使阳极循环管中的燃料气体的循环停止的循环停止部、用于对喷射器与阳极供给口之间的压力进行检测的压力传感器、和控制装置。控制装置在从压力传感器取得的第一压力成为被预先确定的下限值以下的情况下，针对燃料气体供给部而供给被预先确定的供给量的燃料气体，并针对循环停止部而使阳极循环管中的循环停止，并且使用从压力传感器取得的第二压力来对喷射器以及阳极循环管的异常进行判断。