本发明通过信息技术领域的方法，实现了一种针对慢病的阶段性动态用药匹配系统。系统整体结构分为三部分：患者指标编码单元、患者指标编码与药物关系图融合单元、计算输出单元，并采用神经网络方法进行训练后实现；患者指标编码单元应用自注意力机制将其形成患者指标编码，接着利用图卷积神经网络方法将电子健康记录图、药物间相互作用图、药物间序列关系图进行预处理得到药物关系图，结合上两部分的输出结果，将患者指标编码与药物关系图进行融合，将生成结果与患者当前的用药输出至所述计算输出单元运算后，得到最终的当前用药对患者状态的匹配程度。本发明结合病人的编码、历史用药信息以及药物的相关性图，最终形成指标对应下的用药匹配系统。