本发明涉及飞轮储能技术领域，提供了一种飞轮保护结构及储能系统，该飞轮保护结构包括，轴系组件，包括设置在一壳体内的飞轮和与飞轮固定连接的转轴，转轴与飞轮同轴线设置；飞轮的端面上连接有围绕转轴周向设置的限位保护端，限位保护端和转轴之间具有容置空间；固定座，围绕转轴设置，包括向容置空间内延伸的支撑端；弹性保护结构，位于支撑端和限位保护端之间，一端连接于支撑端、另一端与限位保护端朝向转轴的一侧面摩擦相抵。本发明提供的飞轮保护结构，当飞轮不平衡量突然加大或者运行工况发生较大变化，使飞轮振动幅值增大时，限位保护端与弹性保护结构发生柔性碰撞摩擦，避免了飞轮与壳体直接碰磨后造成飞轮失稳及损坏。