本发明提供了一种解决脉冲幅度调制信号频偏混叠的方法及系统，涉及脉冲幅度调制的混叠信号的频偏估计补偿和相位恢复技术领域，该方法包括：在发射端及脉冲幅度调制信号的载波频谱边缘插入频域导频信号；各载波频谱被调制到不同频段的光域上，载波频谱在光域上耦合复用；在接收端对子载波复用信号解复用，分开处理各个子载波信号，对分开的子载波分别做色散补偿，利用频域导频信号进行频偏估计以及频偏补偿，从分开后的数据里提取出导频信号；对信号进行相位恢复；再对信号进行频域共轭，并镜像翻转恢复混叠受损的信号；对信号进行均衡模块的运算，并解调均衡后的信号。本发明能够易于实现，且使用方便，节省成本，能够克服现有技术的缺陷。