本发明提供基于本征正交分解的雨量站缺失处降雨获取方法及系统，获取方法包括：步骤1：根据缺失站点处的位置，选择多个邻近的雨量站，对这些站的降雨数据进行整理；步骤2：将原始降雨场数据和人工时空归一化后的降雨场数据分别作为输入，对降雨场进行两次本征正交分解，得到降雨场的主要模态和相对应的时间系数；步骤3：根据步骤2的分解结果，筛选出表征时空属性的模态及对应的时间系数；步骤4：从主要模态中剔除步骤3筛选出的能够反映降雨时空特征的模态，以距离缺失站点位置处较近的站点为模板，利用剩余模态重构缺失站点所在位置的降雨过程即可得到缺失站点处的降雨数据。