本发明公开了一种二次精密过滤杀菌系统，它包括砂缸、上盖、滤芯、过滤砂及紫外线杀菌灯，所述上盖与砂缸密封连接，所述砂缸内填充有过滤砂，所述滤芯设置在砂缸内，上盖上设有进水口、出水口、紫外灯安装座，所述砂缸内设有由隔板隔离的净水区和填砂区，所述进水口有填砂区连通，所述出水口与净水区连通，紫外线杀菌灯的灯管伸入净水区内；所述隔板上设有输水孔以及反洗水管，所述滤芯设置在填砂区内，所述滤芯两端分别设有集水管和滤芯出水口，所述集水管一端分布有过滤件，所述过滤件被过滤砂掩埋。本发明得到的二次精密过滤杀菌系统，过滤更为彻底，同时反洗过程中避免了反洗水对精滤部件造成的冲击，延长了设备使用寿命。