本发明属于饼干加工技术领域，尤其涉及一种饼干加工系统及其加工方法；本发明提供了一种饼干加工方法，包括以下步骤：S1：通过加工系统中的对心部将放置在对心部上的饼干调平对心，便于在饼干上端的中部精准地挤出夹心馅料；S2：将两块带孔的饼干端部对齐，之后将夹心馅料贯穿一块带孔的饼干之后夹心馅料堆积到两块饼干的中部留存；S3：通过吸取的方式将加工好的饼干进行搬运；所述加工系统包括对心部用于将放置在其上的饼干进行调平对心，对心部上安装有吸附部能够将饼干进行吸取，吸附部上安装有挤料组件能使吸附部将一块带孔的饼干吸取后将夹心馅料挤出并穿过该饼干；本发明能够在饼干上端的中部精准地挤出夹心馅料。