本发明涉及海洋防污技术领域，特别涉及一种天然水性防污涂料及其制备方法、防污剂微胶囊及其制备方法，其中，天然水性防污涂料包括以下原料：可降解水性聚氨酯乳液、防污剂微胶囊、颜填料、助剂、水。采用可降解水性聚氨酯为基底树脂，VOC含量低，树脂的不断降解有利于污损的脱落，保证防污剂的稳定释放，同时有效减小对海洋环境的污染。采用2‑辛基‑2H‑呋喃‑5‑酮为芯材，以天然多糖为壁材，以氯化钙为固化剂，通过层层自组装法制备了安全环保的防污剂微胶囊。其制备工艺简单、微胶囊尺寸可精准控制，微胶囊在水性涂料体系中分散性和稳定性优异。本发明的天然水性防污涂料防污性能优异，在绿色环保，高性能的防污涂料方面具有良好的应用前景。