本发明涉及一种隧道风机控制方法及系统。该方法包括：根据隧道的长度、通车量和车型类别数，得到一氧化碳预测排放量和隧道烟尘预测排放量；根据一氧化碳预测排放量和隧道烟尘预测排放量确定一氧化碳调整值和隧道烟尘调整值；根据一氧化碳调整值和隧道烟尘调整值确定稀释一氧化碳的需风量和稀释隧道烟尘的需风量；并获取隧道换气的需风量；根据最大的需风量确定隧道需风量；根据隧道需风量确定隧道需风速和隧道需风速的范围；获取隧道实际风速和隧道内自然风速和隧道需风速的范围确定风机开启数量，得到隧道风速；根据隧道风速和隧道需风速，采用平滑算法控制风机开启或关闭。本发明能够充分利用自然风和活塞风，从而达到节约能源的目的。