本发明提供了一种从黑果腺肋花楸果中提取原花青素的方法。该方法包括：A)将黑果腺肋花楸果实捣碎后过滤，得到果汁和果渣；B)采用黑曲霉、绿色木霉和地衣芽孢杆菌对果渣进行发酵，得到果渣发酵液；C)将果汁与果渣发酵液混合得到混合液，采用果胶酶和木瓜蛋白酶对混合液进行酶解，得到酶解液；D)对酶解液进行分离提纯，得到原花青素提取物。上述方法能够降解果渣细胞壁以利于原花青素溶出，从而最大程度地将果渣中的原花青素提取出来，整个工艺条件温和，所需设备简单，可实现规模化及产业化生产；同时，该方法能够对黑果腺肋花楸果渣进行废物利用，促进了花楸深加工产业的发展，提升了黑果腺肋花楸的附加值。