本发明公开一种基于网络节点的区块链协议升级方法及系统，方法包括，基于区块链底层设计，添加协议模块，将程序协议版本信息加入区块中，构建区块链；基于区块链，发布新版节点程序，采集区块链的每个节点服务器的升级进度以及区块链的出块数，获得区块链的版本升级进度；基于版本升级进度，通过拜占庭算法统计协议版本，对区块链进行协议升级；系统包括，区块链构建模块，版本升级进度跟踪模块，区块链协议升级模块；本发明提供的协议升级采用两个阶段的升级方式，具有更多的时间给予未升级的节点进行升级，在全网达成共识，同时保证在这个过程中全网正常记账出块，维持网络安全和稳定。