本发明涉及阻燃材料技术领域，具体公开一种生物基阻燃剂微胶囊及其制备方法。所述微胶囊芯材的原料包括摩尔比为0.3‑2:1:2‑8的2,2‑二羟甲基丙酸、植酸和含氮化合物；壁材包括如下质量份数的原料组分：二异氰酸酯3‑7份，聚醚二元醇10‑14份，亲水扩链剂1‑2份和含磷化合物1‑3份。本发明通过以植酸、含氮化合物和2,2‑二羟甲基丙酸为原料，合成了生物基氮磷协效阻燃剂，然后采用逐步聚合的方法制备本质阻燃改性聚氨酯预聚体，再通过原位聚合的方式对生物基磷协效阻燃剂进行微胶囊化改性，显著提高了生物基阻燃剂的稳定性和阻燃性；且原料来源及制备工艺绿色环保，符合“碳中和”的发展趋势，潜在应用价值较高。