本发明涉及渔业养殖装备技术，旨在提供一种高通量鱼苗在线计数装置和方法。该装置包括鱼苗观察通道、摄像设备、支撑框架和鱼苗缓存轨道；在鱼苗缓存轨道起始端设出水口；鱼苗观察通道倾斜固定在支撑框架中部，且通过弯曲轨道与鱼苗缓存轨道连接；鱼苗观察通道的末端连接至鱼苗出口段，后者位于支撑框架的下部；鱼苗缓存轨道的顶部呈敞口状，弯曲轨道、鱼苗观察通道和鱼苗出口段的顶部均为封闭状态。本发明采用光滑的弯曲轨道和斜面通道进行鱼苗分离，不仅提高了鱼苗通过速度，能将单位时间内的鱼苗通量提高几倍，而且降低了对鱼苗的剐蹭损伤；能够实现大批量鱼苗实时在线连续计数，提高了鱼苗计数效率，有效降低误检和漏检对计数准确率的影响。