本发明公开了一种检测VGLL3基因DNA甲基化程度的试剂盒及其应用，检测试剂盒内包括一对VGLL3基因DNA甲基化特异性扩增引物及一个VGLL3基因DNA甲基化特异性测序引物：其中特异性扩增上游引物具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，特异性扩增下游引物具有如SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列，甲基化特异性测序引物如SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列；VGLL3基因DNA被检测序列所在区域为基因前端特定位置并通过焦磷酸测序技术进行DNA甲基化水平分析；VGLL3基因DNA甲基化水平与脑动脉瘤的患病率呈负相关；优点是该诊断试剂盒可以方便快捷地在分子水平上实现对脑动脉瘤的检测，检测效率高，针对性强，以VGLL3基因DNA甲基化为靶点的药物为脑动脉瘤辅助诊断、检测和筛选有效手段。