本发明公开了一种工况自适应水轮机组综合状态评估方法及系统，属于水轮机组状态评估领域。该方法包括：根据水轮机组实际结构和运维经验，建立水轮机组综合状态多层级指标体系；基于自调节层次分析法确定多层级指标体系中各底层指标的权重系数；根据水轮机组长期稳定运行期间的监测数据，建立各在线底层指标的健康标准模型；计算当前监测数据与对应的健康标准模型的差异，得到各在线底层指标的定量评估水平值，并获取各离线底层指标的定性评估水平值；基于物元分析法融合上述两类评估水平值，计算当前水轮机组综合健康状态等级。本发明解决了现有技术中在线与离线指标数据类型不兼容的难题，提高了评估结果的准确性。