本发明提供了一种含有微生物的微胶囊型土壤改良剂及其制备方法和应用，属于生物肥料技术领域。所述微胶囊型土壤改良剂包括三维网状结构的胶囊外衣和包裹在所述胶囊外衣内的微生物；本发明以γ聚谷氨酸、环氧化淀粉和羧甲基纤维素钠作为胶囊外衣原料，并经过严格质量配比，制备的三维网状结构将土壤益生菌包埋起来，有效保护益生菌免受暴晒、水淹等恶劣自然环境的破坏，提高益生菌在土壤中的存活率和生物活性。同时本发明还将包括腐殖酸钾在内的有机肥料与微生物混合一同包埋在胶囊外衣内，形成的土壤改良剂不仅发挥微生物的土壤改良作用，改善土壤团粒，而且达到肥料缓释作用，提高肥料利用率，从而促进作物生长速度和产量的提高。