本发明涉及一种交错并联Boost电路软件控制方法及系统。该方法包括以下步骤：对并联输出的主机DCDC控制器和多个从机DCDC控制器进行初始化，初始化成功后的主机DCDC控制器和从机DCDC控制器之间进行CAN通信，氢燃料电池电堆开始工作，主机DCDC变换器和从机DCDC变换器上电开始工作向锂电池充电。主机DCDC控制器接收整车控制模块的充电参数，并读取主机DCDC模块和从机DCDC模块的电气参数。主机DCDC控制器根据读取的电气参数，调节主机DCDC模块和从机DCDC模块的输出电压、输入电流及温度，同时主机DCDC控制器实时判断DCDC模块损坏故障信息，对主机DCDC模块和从机DCDC模块进行均流设置。通过本发明，可以规避DCDC模块之间硬件差异导致不均流，DCDC模块损坏后，导致电池电堆不可控的问题。