本发明提供一种基于IP网络的秘密通信系统，包括有：客户端软件系统和服务端软件系统，客户端软件系统包括：端口监听器、端口数据缓存阵列、数据解码单元、解码器缓存阵列、数据去白化器和应用层数据输出池；服务器端软件系统包括：数据输入接口、数据白化器、白化器缓存阵列、数据编码器、发送端口映射器和数据派送单元。本发明将网络通信和数据加密融合的技术方案，可以使数据加密本身就基于通信的方式，以尽可能简洁和低运算力成本、低硬件成本、低时间成本的方式，有效解决秘密通信成本问题，能满足当今信息社会数据安全、信息安全、隐私安全等环节的数据传输问题。