本发明公开了一种地基导航定位系统时间同步方法，调节待同步基站的载波频率，待同步基站的载波频率与参考信号的载波频率同步，对待同步基站频率锁定，待同步基站对参考信号进行时标，计算参考信号的载波相位粗时间Δt以及待同步基站测量的时间间隔Δt′；待同步基站产生本地信号并进行环回，对环回信号码相位进行调节，接收环回信号时间间隔与时间间隔Δt′相同，待同步基站计算环回信号载波相位，对环回信号载波相位不断调节，环回信号的载波相位与载波相位一致，停止调节；本发明的有益效果为保证待同步基站的时基与参考基站的时基高精度同步变化；可降低系统设计成本及复杂度；这提高了系统的可扩展能力，使系统能够灵活配置以满足不同的应用要求。