本发明公开了一种基于全息多维舌部图像分析方法，包括：获取目标用户的包括舌面图像和舌底图像中的至少一个的待分析舌部图像；根据待分析舌部图像获取目标用户舌部的至少一个待分析舌部区域图像；将待分析舌部区域图像输入预训练的舌部特征神经网络，获取待分析舌部区域图像的舌部特征向量；获取预设分析数据库中的已分析舌部区域图像，根据舌部特征向量计算待分析舌部区域图像与已分析舌部区域图像的欧氏距离，当欧氏距离小于预设距离阈值时，根据已分析舌部区域图像的已分析结果获取舌部特征；根据舌部特征获取目标用户的舌部分析结果。本发明还提供了基于全息多维舌部图像分析系统、设备和存储介质。本发明可以有效提升分析的准确性和可靠性。