本发明涉及一种企业财务数据安全管理系统及其方法，包括基于大数据的综合管理服务器、总部财务数据管理服务器、分部财务数据管理服务器、基于云计算的加密服务器、结点中继服务器、通讯网关，结点中继服务器通过通讯网关分别与基于大数据的综合管理服务器、基于云计算的加密服务器、总部财务数据管理服务器、分部财务数据管理服务器建立数据连接。其使用方法包括财务管理系统组网，系统设置，财务数据处理及数据更新等四个步骤。本发明在有效满足财务数据在线处理作业需要的同时，另可有效的防止财务数据误操作、数据通讯泄露造成的财务数据泄露和丢失情况，从而极大的提高了财务工作运行及管理的效率和安全性。