本发明提出一种非圆齿轮驱动的低脉动三缸往复泵，在不改变三缸往复泵结构的基础上，增设一个电动机和一对相互啮合的傅里叶非圆齿轮。傅里叶非圆齿轮包括一个主动傅里叶非圆齿轮和一个从动傅里叶非圆齿轮；主动傅里叶非圆齿轮套设在电动机的输出轴上；从动傅里叶非圆齿轮套设在三缸往复泵的曲轴上。电动机通过一对傅里叶非圆齿轮驱动曲轴旋转，曲轴带动曲柄、连杆动作；连杆推动活塞往复运动。本发明通过一对非圆齿轮统一调节三缸往复泵所有活塞的运动规律来变速驱动三缸往复泵，进而平抑泵的流体脉动，解决现有三缸往复泵流量脉动大的问题。