本发明提供了一种基于统计单元自适应的生态空间分析方法和系统，包括：确定并接收分析范围和分析目标数据及指标的输入；根据分析范围和分析目标数据及指标，判断子任务单元划分方式，得到各分析单元范围；使用分析单元范围，对分析目标数据进行空间叠加，提取各分析单元范围内的目标数据要素，落入同一个分析单元范围内的目标数据要素添加相同的分析单元标识，从而得到子任务单元；将各子任务单元分配到不同计算节点上，各节点执行各自的子任务。本发明针对不同分析范围、分析数据和指标、分析结果统计表达要求，自动拆分成适宜的多个子任务，可最大限度的利用并行计算环境中的计算资源，获得更优的分析统计效率。