本发明涉及隧道工程领域，特别是一种运营期防突涌砂的凹槽式斜井、隧道结构及设计方法，其中斜井，包括斜井通道，斜井通道的下游端设置有封堵结构，斜井通道包括沿其长度方向依次设置的涌砂段、凹槽段和排水段，排水段位于斜井通道的下游端，封堵结构位于排水段内，凹槽段的井壁下部设置有用于容纳涌砂的凹槽，凹槽顶部覆盖有钢丝网。本发明的一种运营期防突涌砂的凹槽式斜井，在排水段上游的凹槽段设置凹槽，利用凹槽收集涌砂，降低斜井通道发生涌砂的总动能，沉积砂后防止封堵结构发生淤堵，避免巨大的静态压力对封堵结构乃至正洞构成的危害，同时凹槽顶部覆盖有钢丝网，防止较大石块进入凹槽，而造成凹槽收集涌砂效果变差的情况发生。