本发明公开了辅热强化厨余垃圾快速生物干化系统和方法，系统包括：入料混合罐；中温反应罐，中温反应罐的上部内壁上设有第一菌液喷洒头，第一菌液为纤维素降解菌液；第一压缩空气加热器；高温干化罐，高温干化罐的上部内壁上设有第二菌液喷洒头，第二菌液为大分子有机物降解菌液；以及第二压缩空气加热器。本发明通过针对性地分段添加能够有效降解不同有机物的嗜热微生物，分段连续循环式地对厨余垃圾中不同的有机物组分进行降解，有效地提高了厨余垃圾中有机物的降解效率，且在此过程中伴随辅热通风，并结合微生物好氧代谢反应中所产生的生物能，加速了厨余垃圾的生物干化的过程，使得厨余垃圾的含水率能够快速地由80％降到30％以下。